Podobnie, jak na terenie całego powiatu, tak i w Łukowicy już w końcu 1939r. ruch ludowy organizował pierwsze komórki chłopskiego oporu. W wyniku organizowania tajnej akcji konspiracyjnej powoływano tzw. trojki polityczne. Nosiły one nazwy na szczeblu powiatu " Nadleśnictwo "a w gromadzie" Leśniczówki ".Trojki wiejskie nosiły nazwę "Gajówki".
W każdej tutejszej wsi powstawały trojki polityczne. Organizatorami trojek byli zaufani działacze Ruchu Ludowego. Trojkę polityczną we wsi Młyńczyska zorganizował Wąsko Stanisław ze Świdnika. W skład trojki weszli: Michał Cięciel (ps. "Młynarz"),Władysław Pociecha(ps." Piekarz ),J. Kamiński (ps."Bochenek"). Ludzie ci zwerbowali następnych członków do organizacji konspiracyjnej w liczbie 20 osób tworząc w ten sposób oddział BCH. Z Batalionów Chłopskich została wybrana Ludowa Straż, której zadaniem było czuwanie nad bezpieczeństwem mieszkańców wsi(ostrzegali przed łapankami do Niemiec, zwalczali sługusów i konfidentów niemieckich itp.)
W 1945r. powołany został "Zielony Kr z y ż", któremu na terenie Młyńczysk przewodniczyła Kroczkowna z Przyszowej (ps." Lotka").Uczyła ona członkinie "ZK" udzielania
pierwszej pomocy rannym partyzantom. Kurs członków "ZK", który liczył 10 kobiet odbywał się w domu Michała Cięciela w Młyńczyskach.
Młyńczyska, ze względu na daleką odległość od miast i szlaków komunikacyjnych, duże zalesienie terenu, stanowiły wymarzone miejsce na organizowanie się partyzantki. Miała tu swoją siedzibę grupa BCH należąca do powiatowego dowództwa, z-cą Komendanta Powiatowego był Dębski (ps. "Bicz"). Grupa ta wymierzyła karę chłosty nadgorliwym sołtysom niemieckim, którzy w każdej prawie wsi się znajdowali.
W 1945r grupa licząca 8 osób dokonała wypadu do wsi Stronie, gdzie swoją siedzibę miał Urząd Gminy, aby zniszczyć wszystkie dokumenty gminne jak rejestry z zalegającymi z kontyngentem zboża, mleka, bydła oraz inne dokumenty osobowe, co na pewien czas zdezorientowało władze niemieckie i zahamowało łapanki oraz wywożenie ludzi na roboty do Niemiec. Partyzanci zabrali wówczas z gminy maszynę do pisania.
Akcja ta miała następujący przebieg: W kwietniowe popołudnie grupa 8 ludzi w mundurach niemieckich otoczyła budynek gminy w Stroniu. Czterech partyzantów wkroczyło do biura, gdzie pracowali urzędnicy. Na okrzyk "padnij", urzędnicy padli na podłogę i natychmiast otrzymali karę chłosty za "wierną służbę" Niemcom. Najwięcej batów dostał sekretarz Gminy Górka ( W późniejszym okresie został rozstrzelany we własnym domu). Urzędniczki dostały tylko upomnienia. Wszystkie dokumenty zostały spalone przed budynkiem gminy.
Podkreślić należy, że wójt gminy należał do BCH i na jego prośbę dokonano tej akcji. W akcji tej brali udział:
1. Wojciech Dębski - ps. "Bicz"- jako dowódca
2. Antoni Mruk z Siekierczyny- ps. "guzik"
3. Stanisław M r u k z Siekierczyny - ps. "Juhas"
4. Teofil Górka z Siekierczyny- ps. "Dywan"
5. Ambroży Pietrzak z Kicznej- ps. "Słowik"
6. Michał Wątroba z Mordarki -ps. "Baran", oraz dwaj inni nie znani autorowi niniejszego wspomnienia, którym był Ambroży Pietrzak (zmarł nagle w 1968r.)
Akcje bojowe grupy BCH pod dowództwem Dębskiego, Pod jesień 1945r. grupa w liczbie 14 osób rozbroiła oddział Niemców w liczbie ok. 40 osób w miejscowości Podegrodzie. Partyzanci zabrali broń: karabiny maszynowe i zwyczajne, granaty ręczne i skrzynie z amunicją, którą rozdzielano pomiędzy drużynę chłopów należących do ruchu oporu.
Dnia 17.VII 1944r. grupa w liczbie 11 osób dokonała wypadu na placówkę Wermachtu, która pilnowała mostu na Dunajcu w 3-ołkowicach.Dzięki dobrze przemyślanemu i błyskawicznemu działaniu udało się rozbroić wartowników "Schultzpolizai", składająca się z 18 żołnierzy niemieckich. Partyzanci zdobyli wówczas 15 karabinów ręcznych, 2 karabiny maszynowe i amunicję. Dowódcą grupy był Edward Trojanowski ps . "Bartosz" .Początkiem października partyzanci w liczbie 9 osób dokonali wpadu do miejscowości Jazowsko celem zdobycia broni i amunicji w tamtejszych magazynach niemieckich. Po udanej akcji na wartowników, która została dokonana gwałtownym zaskoczeniem udało się rozbroić 14 Niemców zdobywając dość pokaźną ilość amunicji i broni. Zabrano również aparat do minowania wraz z minami, rakietnice z rakietami dwie furmanki zawiozły zdobycz do Młyńczysk. Akcją tą kierował Stanisław Janowski ps. "Dąb" liczący 22 lata, bardzo odważny partyzant, świetnie władający językiem niemieckim. Za przebieg akcji odpowiadali Ambroży Pietrzak i Antoni Mruk. Nadmienić należy, że ze strony poddających się Niemców, a także Niemców ukrytych w magazynie nie padł ani jeden strzał. Partyzanci dla postrachu strzelali po oknach z broni maszynowej. Na drugi dzień gazeta niemiecka donosiła, że na teren ich siedziby w fabryce krzeseł w Jazowsku wtargnął silny partyzancki oddział liczący ok. 2000 ludzi, ale oni (Niemcy) nie poddali się mimo strasznego ataku, chociaż było ich tylko 180.
Nie wszystkie akcje kończyły się dobrze. W wielu potyczkach i wypadkach byli zabici i ranni.
W zasadzce na gestapo na Wysokim brała udział nieliczna grupa partyzantów rozbijając dwa samochody osobowe z gestapowcami. Grupa ta stoczyła zaciętą walkę z kilkudziesięcioma Niemcami, którzy przypadkowo najechali na samochodach ciężarowych i włączyli się do walki. W walce tej zginęło 20 Niemców. Partyzanci stracili 1 człowieka (Jan Nisko - ps. "Kaczorowski", miał 25 lata i pochodził z woj. lubelskiego).
Działalność BCH nie ograniczała się jedynie do wypadków bojowych na placówki niemieckie. Spełniała ona również rolę podziemnej władzy ludowej wymierzając sprawiedliwość tym ludziom, którzy w jakiś sposób wysługiwali się okupantowi. Ponadto stawali w obronie mienia i życia tutejszych mieszkańców.

Dnia 20.04.1944r. został ukarany chłostą Jan Kamiński z Jastrzębia - sołtys tej wsi, za zbyt gorliwą służbę Niemcom. Pod koniec kwietnia 1944r. karę chłosty wymierzono również dwom mieszkańcom Młyńczysk: Piotrowi Potońcowi i Józefowi Kędroniowi, którzy na polecenie niemieckiej i granatowej policji dwukrotnie zaprowadzili na posterunek Józefę Kurzeję - Ciągaczi jej męża (obydwoje zginęli w Oświęcimiu pozostawiając w domu dwoje nieletnich dzieci .) Za czyn ten w/w mieli otrzymać karę śmierci, lecz ze względu na pozostające w domu liczne dzieci odstąpiono od tego rodzaju kary. Wymierzono im solidną chłostę, byli czarni od sińców.
Po wojnie władze bezpieczeństwa usiłowały pociągnąć do odpowiedzialności tych ludzi za ich karygodne czyny, ale ludność wsi zdjęta litością wybroniła ich ze względu na ich liczne rodziny. Chłostę miał także wówczas otrzymać sołtys wsi Marcin Kroi, za wierną służbę Niemcom, a szczególnie za gorliwe ściąganie kontyngentów mleka, mięsa, zboża i ziemniaków. Ten jednak już na upomnienie zmienił swoje postępowanie, a nawet zrezygnował z funkcji sołtysa, jaką wyznaczył mu okupant. Na jego miejsce przyjęli Niemcy swojego gorliwego służalca Klemensa Biernackiego, który na teren Młyńczysk przybył w 1921 r. uciekając ze służby carskiej przed bolszewikami.
W dniu 28.04.1944r. nocą karę chłosty wymierzono także sołtysowi z Łukowicy Janowi Morzywołkowi , który również zbyt wiernie wypełniał swoje obowiązki i zbyt gorliwie odsyłał ludzi na przymusowe roboty do Niemiec.

W odpowiedzi na akcję partyzantów, która przyniosła niepowodzenia w grabieniu mienia ludności i wysyłaniu ludzi do Niemiec, okupacyjne władze niemieckie rozpoczęły odwet organizując aż trzy akcje. W czasie pierwszej akcji przybyło do wsi Młyńczyska aż 500 Niemców. Zastali jednak wszystkie domy puste, gdyż ludność wraz z partyzantami wycofała się głęboko w lasy. Druga akcja nastąpiła w sierpniu 1944r. Wówczas na teren wsi wkroczyło 500 żołnierzy Wermachtu, ale ludność powiadomiona wcześniej przez oddział BOH schroniła się z całym dobytkiem w Gorce. Zabrano wówczas tylko kilku chłopów którzy nie zdołali - uciec. Trzecia akcja odbyła się dnia 4.XII.1944r. Wojsko niemieckie podeszło pod wieś, tym razem od strony Łukowicy (uprzednio od Starej Wsi). Wieś była zaskoczona . Ludzie wprawdzie zdołali uciec w lasy, ale został dobytek. W tym dniu Niemcy zabrali 500 sztuk bydła i 20 owiec. Podczas tej akcji Niemcy zabrali Kurzeję Jana z Młyńczysk, postrzelili w ramię uciekającego Mamalę Józefa i zabrali 5 osoby: Franciszka Tokarczyka, Marcina Mamalę, Dyrka Kazimierza. Wszyscy trzej zginęli w Oświęcimiu. W dniu 4 grudnia Niemcy spalili w Młyńczyskach budynek, w którym mieszkała grupa BCH "Biecz" oraz puścili z dymem plebanię. Bydło spędzili do dworu w Łukowicy, przysyłając do wsi zawiadomienie, że kto wywiąże się z kontyngentu, temu bydło zostanie zwrócone. Ludzie zabrali w nocy resztę ukrytego zboża i oddali do sołtysa. Niemcy zboże zabrali, ale bydła nie oddali. Tak przepadło i bydło i zboże.

Oddział BCH rozprawił się także z bandami złodziei, którzy dokonywali rabunków i kradzieży na konta partyzantów. Proceder ten na terenie wsi Młyńczyska uprawiali Michał Zając i Protazy Koszut.
Ukradli oni krowę Piotrowi Potoncowi (wspomniano o nim wyżej), oraz biednej wdowie Jadwidze Dominik w Młyńczyskach, a także we wsi Kiczna obrabowali kilku gospodarzy.
W Jastrzębiu rabunkiem trudnił się Ludwik Setlak, a kradzieży z bronią w ręku dokonywała rodzina Majków ze Starej Wsi i z Roztoki oraz Józef Setlak.
Po przemyślanej i odpowiednio przygotowanej akcji udało się złapać kilku złodziei i zamknąć ich w "więzieniu" partyzanckim w piwnicy na Szkiełku (w lesie). Po przesłuchaniu sprawców skierowano ich do sądu podziemnego ruchu oporu BCH. Po dwóch dniach przybyli na miejsce sędziowie na czele z Janem Gorlickim ("Korzeń - rózga"), żądając dla winnych kary śmierci uzasadniając ich czyn jako prowokację mającą na celu skompromitowanie ruchu oporu w oczach ludności. Miejscowi partyzanci jak: Jan Janik, Michał Cięciel,
Władysław Pociecha i inni dobrze znali rodziny w/w. przestępców, wiedzieli, że do kradzieży zmusiła ich nędza i niedostatek. Wyjaśniali to i tłumaczyli sędziom. Sąd po naradzie ogłosił wyrok skazujący winnych na karę chłosty i upomnienia. Po wykonaniu wyroku i zagrożeniu karą śmierci w wypadku gdyby się kradzież powtórzyła, więźniów wyprowadzono ze związanymi oczyma na drogę i puszczano wolno. Wdowa J. Dominik odzyskała swoją krowę (innym bogatszym nie zwrócono bydła). Wypadki kradzieży więcej się nie powtórzyły.
Po okupacji w/w a mianowicie Ludwik Setlak, Protazy Koszut, Michał Zając wyjechali na ziemie odzyskane gdzie pracują w Zakładach Przemysłu Meblowego. Wyrok kasujący tym ludziom życie okazał się sprawiedliwy. Lekcja wychowawcza dla nieproszonych gości z Trzeczewiny, którzy zjawili się na weselu u Wardęgi w Stroniu, uzbrojeni w noże sprężynowe, pałki ołowiane na sprężynie obszyte skorą. 20 partyzantów otoczyło zagrodę i wymierzyli karę chłosty niepoprawnym zabijakom z Trzeczewiny.
Oddział BCH współpracował także z partyzantką radziecką. Współpraca polegała na udzielaniu pomocy Rosjanom zbiegłym z obozu jenieckiego, a następnie przekazywanie ich do radzieckich oddziałów partyzanckich przebywających w Gorcach w powiecie nowotarskim.
Dnia 20.VII. 1944r. Józef Marzec z Laskowej ("Lipa -Rola"), przeprowadził do oddziału w Młyńczyskach trzech żołnierzy radzieckich (nocleg u Michała Cięciela w Młyńczyskach.). W następnym dniu zostali przeprowadzeni przez Zalesię do partyzantów radzieckich, którzy stacjonowali na Mogielicy.
Andrzej Pietrzak i "Jastrząb" wykonali to zadanie. Po uzyskaniu od dowódcy radzieckiego potwierdzenia odbioru żołnierzy wrócili na placówkę, która znajdowała się na Kopcu nieopodal Młyńczysk. Po upływie dwóch dni "Orzeł" i "Jastrząb" przeprowadzili znów dwóch zbiegów radzieckich(uciekli z obozu jenieckiego w Łapanowie - bocheńskie), za co otrzymał "Orzeł" od pułkownika Zołotowa piękny pistolet.