Trasa główna:
Kraków, Kalwaria Zebrzydowska, Żar, Łękawica, Jaroszowicka Góra, Gorzeń Górny, Dzwonek, Wadowice, Ponikiew, Groń Jana Pawła II, Leskowiec, Łamana Skała, Ślemień, Gachowizna, Hucisko, Czwrniawa Sucha, Przełęcz Klekociny, Hala Kamińskiego, Zawoja Czatoża, Zawoja Widły, Skawica Górna, Hala Krupowa, Polica, Cyl Hali Śmietanowej, Przełęcz Krowiarki, Kamionek, Zubrzyca Górna, Przełęcz Wąwóz, Beskidy, Przełęcz Bory, Żeleźnica, Raba Wyżna, Rabska Góra, Sieniawa, Janiłówka, Przełęcz Sieniawska, Pyzówka, Morawczyna, Trute, Ludźmierz, Nowy targ, Kowaniec, Polany Bukowina, Turbacz, Przełęcz Borek, dolina Kamienicy (Papieżówka), Przełęcz Przysłop, Nowa Polana, Gorc, Ochotnica Dolna, Lubań, Marszałek, Krościenko, Dzwonkówka, Przechyba, Stary Sącz.

Ścieżki na Szlaku Papieskim

Beskid Średni
Kalwaria Zebrzydowska, Lanckorońska Góra, Jastrzebia, Sułkowice, Pisana, Barnasiówka, Myślenice Zarabie, Ukleina, Śliwnik, Wierch Stróża, Myślenice Zarabie.

Beskid Żywiecki
Przełęcz Krowiarki, Sokolica, Babia Góra, Przełęcz Brona, Markowe Szczawiny, Przełęcz Krowiarki.

Beskid Wyspowy
Rabska Góra, Piątkowa, Raba Zdrój, Luboń Wielki, Przełęcz Glisne, Szczebel, Kasinka Mała, Lubogoszcz, Kasina Wielka, Śnieżnica, Przełęcz Gruszowiec, Ćwilin, Jurków, Chyszówka, Przełęcz Rydza Śmigłego, Mogielica, Jasień z rozejściem na dwie odnogi: Jasień Ostra - Mszana Dolna oraz Jasień - Przełęcz Przysłop.

Beskid Wyspowy
Mogielica, Chichoń, Przełęcz Ostra, Szkiełek, Łukowica, Pepówka, Łyżka, Jabłoniec, Limanowa, Miejska Góra, Limanowa.

Podtatrze i Tatry
Ludźmierz, Zasaklae, Skrzypne, Ząb, Poronin, Gubałówka, Butorowy Wierch, Zakopane Krzeptówki, Kiry, Polana Biały Potok, Dolina Chochłowska, Dolina Jarząbcza, Dolina Chochołowska, Przełęćz Iwanicka, Hala Ornak, Dolina Kościeliska, Przysłop Miętusi, Dolina Małej Łąki, Przełęcz Grzybowiec, Dolina Strążyska, Przełęcz Białe, Kalatówki, Albertyni, Kuźnice, Księżówka, Jaszczurówka, Cyrhla, Psia Trawka, Polana Waksmundzka, Gęsia Szyja, Rusinowa Polana (Wiktorówki), Palenica Białczańska, Morskie Oko.

Gorce
Turbacz, Kiczora, Przełęcz Knurowska, Runek, Lubań.

Beskid Sądecki
Dzwonkówka, Suchy Groń, Jaworzynka, Tylmanówka Rzeka (Baszta).

Beskid Sądecki i Beskid Niski (cz. zachodnia)
Stary Sącz, Popowice, Żeleźnikowa, Ostra, Makowica, Łabowska Hala, Runek, Jaworzyna Krynicka, Krynica, Huzary, Mochnaczka Wyżna, Izb, Hańczowa, Kozie Żebro, Regetów Niżny, Rotunda, Zdynia, Popowe Wierchy, Wołowirec, Bartne, Magura Wątkowska, Świerzowa, Kolanin, Kamień, Kąty (Grzywacka Góra).[źródło: www.wrotamalopolski.pl , UMWM w Krakowie]